在太一一行人告别数码世界后，数码世界并没有就此关闭朝向人类的大门，而数码世界的内部却没有太平多少时日，就又开始了纷争。 数码世界急需一批被选中的孩子来维护数码世界和人类世界的和平。太一、阿和、素娜等人都已先后成为了初中生，没有太多精力和时间能够和数码宝贝们一起并肩作战，只有阿武和小光成为了新一代的领头人。被选中的孩子有本宫大辅（木内玲子 配音）、井之上京（夏树莉绪 配音）、火田伊织（夏树惠 配音）等人，和他们一同战斗的除了亚古兽、加布兽等，还有新的数码宝贝参与。于是，在第一代数码人的带领下，新的数码宝贝和守护者们开始了同邪恶势力的作战……
演员：入野自由 坂本真绫 日野聪 松冈祯丞 日笠阳子 藤原启治 茅野爱衣 甲斐田裕子 森久保祥太郎 川田绅司 早见沙织 东山奈央 高森奈津美 濑户麻沙美 小松未可子 松风雅也 寺岛拓笃 伊濑茉莉也 菅生隆之 立木文彦 子安武人 武虎 石原夏织 能登麻美子 柚木凉香 皆川纯子 岛崎信长 井口祐一 花江夏树 小野友树 石川界人 室元气 逢坂良太 樱井孝宏 福山润
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